جمعیت شهر بندر خمیر طبق سرشماری عمومی نفوس و مسکن در سال ۱۳۸۵، برابر با ۱۲۹۹۵ نفر بوده‌است . شهر بندرخمیر واقع در حریم ۵ روستا بنام‌های: لشتغان بالا، لشتغان پایین، کندال، باقی آباد و چاه صحاری بوده‌است.